Los aminoácidos hacen parte de los procesos fisiológicos de las plantas, por lo cual es importante conocer la función que cumplen en estos procesos y de esta forma poder diferenciar las etapas de aplicación durante el ciclo del cultivo.
Función estructural: la función metabólica inicial de la planta es la síntesis de aminoácidos, los cuales son usados como estructura primaria para la formación de proteínas. La concentración de una gran cantidad de aminoácidos libres al interior de la planta le permite de una fuente directa para que esta sintetice las proteínas necesarias para formar sus estructuras y diferentes órganos. Las plantas sintetizan los aminoácidos a través de reacciones enzimáticas por medio de procesos de aminación y transaminación (Salisbury y Ross, 1992). El primero, es realizado por sales absorbidas del suelo y ácidos orgánicos, producto de la fotosíntesis. El segundo, permite producir aminoácidos a partir de otros aminoácidos preexistentes como por ejemplo el ácido glutámico; otros, como la glicina y prolina, se dirigen rápidamente hacia los órganos de crecimiento de la planta, o vertederos, por ello estimulan el desarrollo, crecimiento y llenado de órganos de cosecha (Ross, 1981).
Función hormonal y reguladora del crecimiento: desde el punto de vista bioquímico, los aminoácidos están relacionados con los mecanismos de regulación de crecimiento y desarrollo. Diferentes hormonas vegetales se encuentran unidas a aminoácidos o proceden de la transformación de estos, como por ejemplo la aspargina y el triptófano (Ross, 1981).
Función portadora: por su estructura los aminoácidos pueden formar complejos unidos químicamente con elementos metálicos o polivalentes. El efecto complejante se da mediante un movimiento activo en la planta por balance de cargas en las paredes celulares y facilita la absorción de nutrientes tanto a nivel foliar como radicular. La época de aplicación o estado fenológico de los cultivos influencian ligeramente la absorción rápida de los aminoácidos, la cual aumenta si se aplican por el envés de la hoja y su rapidez puede variar según la especie tratada (Lucena, 2009).